ウルトラマンの存在しない宇宙にあるもう1つの地球【フューチャーアース】。そこはバット星人の実験場と化し、人類を含めたすべての生物はほとんど姿を消していた。だが、残された7人の若き女性が地球防衛組織・チームUを結成し、9人の子供たちを守っていた。
そんな中、怪獣アーストロンが出現しチームUのリーダー・アンナが危機に陥るが、そこに現れたウルトラマンダイナによってアーストロンは倒された。
一方、ウルティメイトフォースゼロとベリアル銀河帝国が戦った別宇宙【アナザースペース】において、ベリアル銀河帝国の残党と戦っていたウルトラマンゼロは、謎の声[注 7]に導かれ、時空を超えて【フューチャーアース】に向かう。同じ頃、ダイナが活躍した別宇宙【ネオフロンティアスペース】の火星で、スフィアの残党が襲来。スーパーGUTSの新人隊員タイガ・ノゾムがガッツイーグルαで迎え撃つが、バット星人の巨大円盤に遭遇してスフィアもろとも、【フューチャーアース】へと飛ばされる。
【フューチャーアース】で、ゼロとバット星人の戦闘機との戦闘に巻き込まれた少年タケルを助けようとして、重傷を負ったタイガ。その勇気に感銘を受けたゼロは、タイガを救うために一心同体となる。蘇ったタイガだったが、ゼロへの変身を頑なに拒否し、ゼロの説得も聞き入れようとしない。そんなタイガの前に、ウルトラマンコスモス / 春野ムサシが現れる。彼もゼロが聞いた謎の声に導かれ、別宇宙【コスモスペース】からやってきたのである。
チームUや子供たちと出会ったタイガとムサシは、ダイナ / アスカ・シンも【フューチャーアース】を訪れていたことを知るが、彼は消息を絶っていた。
やがて、バット星人がハイパーゼットン（ギガント）を覚醒させて襲い掛かってきた。その際、ダイナ失踪の理由とチームUの秘密が明らかとなる。

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